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文學院
中國文學系博士班
外國語文學系博士班
哲學研究所博士班
理學院
生物科學系博士班
化學系博士班
物理學系博士班
應用數學系博士班
理學國際博士學位學程
工學院
電機工程學系博士班
環境工程研究所博士班
資訊工程學系博士班
光電工程學系博士班
通訊工程研究所博士班
機械與機電工程學系博士班
材料與光電科學學系博士班
資訊工程學系資訊安全博士班
管理學院
企業管理學系企業管理組博士班
資訊管理學系博士班
財務管理學系博士班
公共事務管理研究所博士班
人力資源管理研究所博士班
（
甲組
、
乙組
）
企業管理學系醫務管理博士班
企業管理學系經營管理組博士班
海洋科學學院
海洋生物科技暨資源學系博士班
海洋科學系博士班
海洋環境及工程學系博士班
海洋科學與科技全英語博士學位學程
社會科學院
中國與亞太區域研究所博士班
（
甲組
、
乙組
、
丙組
）
政治學研究所博士班
教育研究所博士班（
甲組
、
乙組
）
半導體及重點科技研究學院
創新半導體製造研究所博士班
醫學院
臨床醫學科學博士學位學程
精準醫學研究所博士班
生技醫藥研究所博士班
生物醫學研究所博士班
醫學科技研究所博士班